En 2002, la réforme de la Politique commune de la pêche mettait en place une stratégie européenne pour faire face aux difficultés rencontrées par le secteur de la pêche. Dans le cadre des perspectives financières 2007-2013 et avec l'objectif d'adapter l'instrument d'intervention communautaire aux nouvelles contraintes de la politique de la pêche (pérennité des activités, diminution des subventions, exploitation durable des ressources), la Commission a proposé de remplacer l'IFOP par un Fonds européen pour la pêche (FEP). Ce fonds représente pour la France près de 182 millions d'euros.
Le FEP se concentre sur les cinq priorités suivantes :